学院现有农学、理学、工学3个学科门类，水土保持与荒漠化防治学、地理学、土木工程3个一级学科，以及北京市高精尖学科生态修复工程学，形成了以水土保持与荒漠化防治学为核心，地理学、土木工程、生态修复工程学深度融合，协同发展的学科格局。
一、水土保持与荒漠化防治学
水土保持与荒漠化防治学是国家级重点学科，具有博士、硕士、学士学位授予权。学科现有专任教师53人，其中教授25人，副教授19人，讲师9人。学科主要包括流域治理、林业生态工程、水土保持工程、荒漠化防治4个研究方向。
二、地理学
地理学科现有自然地理学、地图学与地理信息系统2个二级学科，学科专任教师16人，其中教授8人，副教授6人，讲师2人。学科主要包括流域自然地理过程、生态环境地理、生态地理大数据、资源环境遥感等研究方向。
三、土木工程
土木工程学科现有结构工程、岩土工程、土木工程建造与管理3个学科方向。专任教师18人，其中教授3人，副教授7人，讲师8人。研究领域主要包括竹木结构、仿生结构、防灾减灾和边坡工程等。
四、生态修复工程学
生态修复工程学是北京市高精尖学科，是涉及农学、理学和工学3个学科门类的交叉学科，主要依托水土保持与荒漠化防治学、生态学、环境科学与工程、地理学、农业资源与环境等学科。学科主要包括流域生态修复、城市生态修复、山地灾害生态修复、生态系统修复与健康4个研究方向。