生态修复工程学2019年作为交叉学科方向纳入北京市高精尖学科建设，主要围绕流域生态修复、城市生态修复、山地灾害生态修复、生态系统修复与健康研究4个方向开展学科建设，形成了4个特色鲜明的创新团队，开设了“生态修复工程学”博士点，建立了生态修复工程学本、硕、博人才培养体系、科教平台体系和社会服务体系。
流域生态修复：主要研究流域生态系统过程及其对气候变化和人为干扰的响应机制、流域生态系统适应性调控机理、流域生态系统修复的理论、技术、方法及其工程化解决方案。
城市生态修复：主要研究水（水体）、土（土壤）、气（大气）与生（植物）在城市环境下的相互作用机理，大气污染植被生态修复、水生态与水环境生态修复、土壤生态修复和城市废弃物生态处理理论与技术及其工程化解决方案等。
山地灾害生态修复：主要研究植被与气候变化和人为干扰下的山洪、滑坡、崩塌、泥石流等灾害作用机理、山地灾害的生态防控机制、灾后生态修复与重建技术，为人居环境安全提供保障。
生态系统修复与健康：主要研究大气污染、水体污染、土壤污染对环境健康、生态系统健康和公众健康的影响机理，评价生态修复技术工程化应用对环境、生态系统和公众健康的影响。