学院现有生态学一级学科，设立了森林生态学、湿地生态学、微生物生态学、修复生态学、全球变化生态学5个二级学科，林学一级学科（国家双一流学科）的野生动植物保护与利用、自然保护区学2个二级学科，分别拥有理学、农学的硕士、博士学位授予权，均可接收博士后。

主要研究方向包括森林生态学、湿地生态学、微生物生态学、恢复生态学、全球气候变化与生态过程、生态规划与管理、自然保护地建设管理、生物多样性保育、林业碳汇与碳交易、保护经济与政策、自然资本评估与管理、动植物系统学及进化生物学、动植物遗传多样性及种质资源保护、动植物保护生物学、菌类资源与利用、森林防火等。