菌物展室位于博物馆二层东侧，面积约80m2。包括菌物和林木病害两大板块，以其丰富的资料，图文并茂的介绍了菌物与人类的关系及其基础知识，以及林木病害的危害性与发生发展特点。
展示菌类标本156份130种，包括各类如牛肝菌、真姬菇、茯苓、苦白蹄、灵芝、猴头菌、马勃、珊瑚菌等珍稀大型食、药用真菌40多种，红缘拟层孔菌、云芝栓孔菌等木腐菌60多种；重要林木病害标本277种396份，包括白纹羽病、梓树根结线虫等根部病害9种，白粉病、锈病、叶斑病等叶部病害265份214种，疱锈病、溃疡腐烂病、枯萎病、肿瘤、丛枝等枝干病害58份42种，云杉矮槲寄生等林木寄生害3种，梨黑星病、云杉球果锈病等果实病害4种，红松心材白腐等木材腐朽标本5种。
